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Fledermäuse sind in ganz Deutschland beheimatet und obwohl die einzelnen Arten ihr Verhalten an verschiedene Naturräume angepaßt haben, weisen diese doch alle eine Gemeinsamkeit auf: Insektenreichtum.
Sowohl Wald- als auch Hausfledermäuse erjagen ihre Nahrung in Biotopen mit großem Insektenvorkommen. Solche Naturräume sind z.B. Laubwälder, naturnahe Gärten und Parks, Hecken, Gewässer oder Streuobstwiesen. Eine große Artenvielfalt an heimischen Pflanzen in verschiedenen Lebensphasen bietet ausgezeichnete Bedingungen für Insekten.
Wald bewohnende Fledermäuse wie z.B. der Abendsegler sind auf Baumhöhlen, Rindenspalten und Astlöcher im Totholz angewiesen, Fledermauskästen bieten da nur bedingt Ersatz. Aufgrund der Forstwirtschaft der letzten Jahrzehnte und auch der Verkehrssicherungspflicht, der öffentliche Grünanlagen unterliegen, ist der Totholzanteil in den meisten Wäldern allerdings sehr gering.Die sogenannten Hausfledermäuse schlagen ihre Sommerquartiere in Gebäuden auf. Auf warmen, ungenutzten Dachböden, hinter Fensterläden oder Wandverkleidungen bilden z.B. Zwergfledermäuse die Wochenstuben zur Aufzucht ihrer Jungen.
Den Winter verbringen viele Fledermäuse in kühlen, aber frostsicheren Bunkern, Höhle oder Kellern, die Spalten oder Vorsprünge als Hängeplätze anbieten. Wichtig ist nebst solchen Verstecken eine hohe Luftfeuchtigkeit und natürlich Ruhe. Fledermäuse, die in ihrem Winterschlaf unterbrochen werden, verbrauchen zum Aufheizen ihrer Körper die Energie, die ihnen dann zum Ende des Winters u.U. fehlt.